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BioPortal Help

Bienvenue

Le SIFR BioPortal, une plateforme ouverte et générique pour l’hébergement d’ontologies et de terminologies biomédicales françaises, basée sur la technologie du National Center for Biomedical Ontology. Le portail facilite l’usage et la diffusion des ontologies du domaine en offrant un ensemble de services (recherche, alignements, métadonnées, versionnement, visualisation, recommandation) y inclus pour l’annotation sémantique. En effet, le SIFR Annotator est un outil pour traiter des données textuelles en français.

Pour commencer

BioPortal permet à ses utilisateurs d'exploiter des ontologies mises en ligne : explorer, télécharger, commenter, rechercher des concepts, créer des mappings.

Explorer les ontologies

Les utilisateurs peuvent explorer des ontologies sous forme d'arborescence, accéder à leur méta-données et les télécharger.

Documentation

Examples et documentation de l'API REST : documentation BioPortal.

Contact

Pour nous faire part de tout commentaires ou besoin de supports, contactez-nous à l'adresse suivante: sifrportal-users@lirmm.fr. Vous pouvez également vous inscrire à notre liste de diffusion.

Citer le BioPortal français

Clement Jonquet, Amina Annane, Khedidja Bouarech, Vincent Emonet & Soumia Melzi. SIFR BioPortal : Un portail ouvert et générique d’ontologies et de terminologies biomédicales françaises au service de l’annotation sémantique, In 16th Journées Francophones d'Informatique Médicale, JFIM'16. Genève, Suisse, July 2016. pp. 16.

Citer le BioPortal du NCBO

Noy, N.F., Shah, N.H., Whetzel, P.L., Dai, B., Dorf, M., Griffith, N., Jonquet, C., Rubin, D.L., Storey, M.A., Chute, C.G., Musen, M.A. BioPortal: ontologies and integrated data resources at the click of a mouse. Nucleic Acids Res. 2009 Jul 1;37(Web Server issue):W170-3. PMID: 19483092. doi:10.1093/nar/gkp440